Территория парка занимает центральную часть Заилийского Алатау с очень сложным рельефом. Из-под горных долин видно, что от главного водораздельного хребта отходит много островершинных гребней второго порядка, разделяющих основные речные бассейны. Последние гребни ветвятся и создают систему отрогов более мелких порядков. Такое морфологическое строение определяет направление главных рек, стекающих с северного склона. Они относятся к бассейну р. [[Или (река)|Или]]. Однако большинство из них, выйдя на равнину, вскоре теряются в наносах, причём основная часть стока расходуется человеком на коммунальные, технические и сельскохозяйственные нужды.