В [[1987 год]]у году отделом проблем биосферы и экологии Казахстанского комитета по программе ЮНЕСКО «Человек и биосфера» при Академии наук Казахской ССР в рамках программы «Развитие заповедного дела в Казахстане» было подготовлено научное обоснование к «Генеральной схеме развития и размещения объектов природно-заповедного фонда Казахской ССР до 2005 года». В этом документе предлагалось создать Заилийский государственный национальный природный парк на площади 280 тыс. га. Согласно данной схеме создание парка планировалось осуществить в 1995 году. В 1990 году было разработано технико-экономическое обоснование организации парка. 22 февраля 1996 года постановлением правительства на территории в 202 292 га Иле-Алатауский национальный парк был создан.

Территория парка занимает центральную часть Заилийского Алатау с очень сложным рельефом. Из-под горных долин видно, что от главного водораздельного хребта отходит много островершинных гребней второго порядка, разделяющих основные речные бассейны. Последние гребни ветвятся и создают систему отрогов более мелких порядков. Такое морфологическое строение определяет направление главных рек, стекающих с северного склона. Они относятся к бассейну р. [[Или (река)|Или]]. Однако большинство из них, выйдя на равнину, вскоре теряются в наносах, причём основная часть стока расходуется человеком на коммунальные, технические и сельскохозяйственные нужды.

К наиболее высоким поднятиям приурочены вечные снега и ледники. В ущелье Левый Талгар находится ледник Дмитриева — самый большой на северном склоне Заилийского Алатау, его площадь составляет 17 км². Ледник Конституции — самый протяжённый (5,7 км) и один из самых низкорасположенных ледников парка — он спускается до высоты 3270 м. В истоках реки Малой Алматинки находится ледник [[Туюксу (ледник)|Туюксу]] — Туюксу — один из наиболее изученных ледников мира. Он исследуется с 1902 года. Морена ледника селеопасна, на ней сформировались крупные гляциальные сели 1956 и 1973 гг.

Всего в Заилийском Алатау 265 больших и малых ледников, значительная часть которых находится на территории парка. Многие из них дают начало рекам, образующим разветвлённую гидрографическую сеть — реки Тургень, [[Иссык (река)|Иссык]], [[Талгар (река)|Талгар]], [[Малая Алматинка|Малая]] и [[Большая Алматинка|Большая Алматинки]], Карагалинка, Аксай, [[Каскелен (река)|Каскелен]] и их многочисленные притоки (Ремизовка, Прямуха, Котырбулак, Бельбулак, Каменка, Рахатка и др.). Основные реки текут стремительными бурными потоками в глубоких ущельях. Они имеют снего-ледниковое питание с весенним и летним паводками. Как реки, так и большинство их притоков селеопасны. Вода в них большую часть года чистая, но летом в период паводка становится мутной, с большим количеством донных наносов. В истоках всех основных рек имеются [[морена|моренные]] озёра, которые начинают наполняться в июне, а к началу зимы вода в них исчезает. На высоте 2500 м расположен крупный постоянный водоём — [[Большое Алматинское озеро]]. Его котловина имеет завально-тектоническое происхождение и пополняется стоком реки Озёрная и рядом мелких притоков. Площадь озера — около одного квадратного километра, глубина достигается 39,3 м.[[Файл:Большое Алматинское Озеро. Весной.jpg|thumb|right|300px|[[Большое Алматинское озеро]] на территории парка]]

Богат и разнообразен животный мир Флора природного парка. [[Фауна]] беспозвоночных изучена ещё недостаточно полно. Однако к настоящему времени уже известны насчитывает более 2000 1000 Биологический вид|видов из 8 классов, большая часть которых приходится на флору лесного среднегорного пояса. Частично выявлен состав некоторых отрядов класса насекомых. ТакВ лиственных лесах сосредоточено более 500, из отряда [[жук]]ов изучены 252 вида жужелиц, 180 — стафилинид, 102 — листоедов; из отряда чешуекрылых, или [[Бабочка|бабочек]] — 145 а в еловых — более 400 видов дневных бабочек; из отряда перепончатокрылых — 110 видов пчелиных, 97 — роющих ос, 33 — [[Муравьи|муравьёв]] и 30 наездниковвысших растений. Из всего этого многообразия только 24 вида включены в В Красную книгу Казахстана, среди которых 3 вида моллюсков ([[брадибена сенестрорза]], [[псеудонапеус Шниткова]] и [[туркомилакс Цветкова]]). Остальные относятся к классу насекомых: [[булавобрюх заметный]], [[красотка-девушка]] (отряд стрекозы), [[боливария короткокрылая]] (богомоловые), [[дыбка степная]], [[красотел Семёнова]], [[желтушка Ершова]], [[бедромилиус]], [[патриций]]занесены 36 видов.

Фауна позвоночных представлена 245 видами. В горных реках и ручьях низкогорьях встречаются 8 видов рыб: [[голый осман|голый]] и чешуйчатый османытюльпан Островского, курчавка Мушкетова, ирис Альберта, яблоня Сиверса, голосемянник алтайский; в среднегорьях — желтушник оранжевый, хохлатка Семёнова, остролодочник алматинский, кортуза Семёнова; в высокогорьях — печёночница Фальконера, сибирка тяньшаньская, ястребинка кумбельская, [[Маринки|маринка]]шмангаузения гвездистая, [[гольян]]соссюрея обвёрнутая. В особой охране нуждаются мхи, а занесённые в реке Тургень — акклиматизированная [[радужная форель]]Красную книгу, — пахифиссиденс крупнолистый и ортотрихум приглаженный. В урочище Кок-жайляу можно встретить краснокнижный шафран алатауский (Шафран алатавский|Crocus alatavicus).

Земноводных 4 видаИз множества полезных растений большой интерес представляет группа кормовых (более 80 видов): кобрезия волосовидная, осока узкоплотная, два из которых ([[данатинская жаба]] овсяница Крылова, мятлик альпийский и [[центральноазитская лягушка]]) занесены в Красную Книгу Казахстанамятлик луговой, овсянец тяньшаньский, ежа сборная, коротконожка перистая, виды регрении, клевера, чины, горошка.

Из восьми видов пресмыкающихся обычны ящерицы ([[алайский гологлаз]] и [[разноцветная ящурка]])дубильных растений наиболее ценны разные виды щавеля, горца, ревеня. Из эфирономасличных — дягиль, а также змеи — обыкновенный и водяной ужиможжевельники, разноцветный и узорчатый полозыполыни. Более редки ядовитые змеи — [[степная гадюка]] В качестве естественных красителей могут использоваться манжетки, подмаренник, макротония и [[щитомордник]]др.

Разнообразие природных условий обуславливает видовое богатство птиц. Всего в национальном парке их отмечено 178 видов. По характеру пребыванию они делятся на три группыШироко распространены лекарственные растения: гнездящихся — 105 видовпижма, прилетающих на зимовку — 18тысячелистник, пролётных — 55 видов. В Красную книгу включены 11 видов ([[чёрный аист]], [[орёлмать-и-карлик]], [[беркут]]мачеха, [[кумай]]шиповники, [[шахин]]Крушина слабительная, [[серпоклюв]]валериана, [[филин]]можжевельники, [[балобан]] — пролётный; [[сапсан]]одуванчик, подорожник и [[большая чечевица]] — зимующие)др.

Млекопитающих 47 видов. К числу типично горных относятсяИз пищевых особенно ценны: [[тяньшаньская бурозубка]]абрикос, яблоня, малина, смородина, [[скальная белозубка]]земляника, [[красная пищуха]]костяника, [[серый сурок]]ежевика, [[тяньшаньская мышовка]]барбарис, [[серебристая полёвкаоблепиха]], [[каменная куница]]рябина, [[снежный барс]]боярышники, [[горный козёл]]шиповники.

Наряду с типичными для гор в парке встречаются виды, свойственные и другим экосистемамМногочисленны декоративные растения: волкпервоцветы, лисаводосборы, медведьтюльпаны, [[косуля]]ирисы, [[марал]]мелколепестники, [[кабан]]колокольчики, [[заяц-толай]] и др. Группу краснокнижных составляют 7 видов: бурый тяньшаньский медведьгоречавки, [[снежный барс]]фиалки, [[каменная куница]], среднеазиатаская [[речная выдра]], [[манул]], [[туркестанская рысь]] различные виды деревьев и [[индийский дикобраз]]кустарников.