Первые попытки расшифровки рукописи известны, как минимум, c XVII века[7]. Она интенсивно изучалась любителями криптографии и профессионалами криптоанализа, в том числе британскими и американскими криптоаналитиками Второй мировой войны[8]. С тех пор был сделан ряд заявлений о возможной расшифровке и выдвинут ряд гипотез, ни одна из которых, однако, не получила однозначного подтверждения и признания в научном сообществе. Неудачи в расшифровке превратили манускрипт в известный предмет криптологии, а сам он получил прозвище «Святого Грааля» криптографии.

Точное время изготовления рукописи остаётся неизвестным, но документально её история прослеживается с XVI века. По результатам радиоуглеродного анализа фрагментов манускрипта, химик и археометрист Аризонского университета Грег Ходжинс установил, что пергамент для манускрипта был выделан между 1404 и 1438 годами в эпоху раннего Возрождения. В рукописи находится только одно реалистическое изображение города с крепостной стеной с зубцами типа «ласточкин хвост». В начале XV века такие зубцы в основном встречались в Северной Италии; позже они стали более распространёнными.